Yamaha đã nâng cấp cho MT-09 khi giới thiệu mẫu xe thế hệ mới nhất vào năm 2021. Phần thiết kế được thay đổi rõ nhất với hệ thống đèn LED mới. Tại Triển lãm xe máy Osaka 2022 vừa qua, Yamaha còn công bố MT-09 Cyber Rally mới.
Tại EICMA 2013, công ty đã giới thiệu MT-09 Street Rally trước công chúng. Một chiếc xe theo phong cách supermoto, với cụm đèn pha, ốp bảo vệ tay lái cùng với các chi tiết khác đã làm nổi bật biến thể khác của chiếc naked bike này.
Các nhà thiết kế của Yamaha đã quay lại với chiếc MT-09 Cyber Rally 2022, mẫu concept mới trông hiện đại và nhiều trang bị hơn.
MT-09 Cyber Rally 2022 cũng nhận được một kính chắn gió nhỏ và các tấm chắn gió tích hợp vào đèn pha mới. Cánh gió bằng sợi carbon kết hợp với đầu đèn mới tạo hình dáng giống phần đầu của rô-bốt.

Yamaha cũng bổ sung các tấm che tản nhiệt mới cho biến thể của MT-09. Những thay đổi trên thân xe không chỉ tăng thêm phạm vi bao phủ cho chiếc naked bike mà còn giúp quản lý luồng không khí, đẩy khí nóng ra khỏi động cơ và tránh xa người lái.
Cuối cùng, Yamaha cũng thay đổi ống xả dưới gầm để bằng một hệ thống ống xả mới.
Tất cả các bộ phận được lắp ráp vào Cyber Rally đều do đối tác phụ kiện Y’s Gear của Yamaha thực hiện. Chưa có hãng nào xác nhận liệu bộ kit MT-09 Cyber Rally có được bán sau Triển lãm xe máy Osaka hay không. Yamaha có thể đã nâng cấp MT-09 vào năm 2021, nhưng thân xe của Y’s Gear’s Cyber Rally đã đẩy thiết kế tương lai đó đi xa hơn nữa.